大澳附近的考古學遺址──鹽田遺址,可上溯至石器時代,但固定而可稽考的人類部落則只有3個世紀的歷史。一些不可能證實的傳聞如下:一、大澳是許多走私和海盜行動的基地;二、涌口能夠防禦暴風雨;三、這裏有一處隱藏的地方。在附近,分流有一道要塞早建於1729年,用以保衛珠江上的航運。走私鎗械、煙葉或毒品,以至偷運人蛇進出中國大陸,這些非法行動至今仍是一項屢見不鮮的。

16世紀,佛朗機人(今葡萄牙人)抵達中國南部沿海,曾佔領大澳一帶興建補給據點,後在屯門一帶被明朝軍隊擊退,史稱屯門海戰。當時的據點,被居民稱為「番鬼塘」,一直留存至今。

英國人來港時,大澳稱作蜑家村。國共內戰期間及其後,大澳成為從中國大陸逃難的非法移民的首要落腳點。移民當中,漢族一般會留在大澳。同時,大澳也吸引了香港的其他民系,包括鶴佬人和客家定居於此。