大澳附近的考古學遺址──鹽田遺址，可上溯至石器時代，但固定而可稽考的人類部落則只有3個世紀的歷史。一些不可能證實的傳聞如下：一、大澳是許多走私和海盜行動的基地；二、涌口能夠防禦暴風雨；三、這裏有一處隱藏的地方。在附近，分流有一道要塞早建於1729年，用以保衛珠江上的航運。走私鎗械、煙葉或毒品，以至偷運人蛇進出中國大陸，這些非法行動至今仍是一項屢見不鮮的。

16世紀，佛朗機人（今葡萄牙人）抵達中國南部沿海，曾佔領大澳一帶興建補給據點，後在屯門一帶被明朝軍隊擊退，史稱屯門海戰。當時的據點，被居民稱為「番鬼塘」，一直留存至今。

英國人來港時，大澳稱作蜑家村。國共內戰期間及其後，大澳成為從中國大陸逃難的非法移民的首要落腳點。移民當中，漢族一般會留在大澳。同時，大澳也吸引了香港的其他民系，包括鶴佬人和客家定居於此。